Аниме и Манга «Шаман кинг» начинаются одинаково и до 25 эпизода аниме повторяет основную сюжетную линию манги. Различия незначительные, в основном за счёт отсутствия в аниме сюжетных линий, введения дополнительных персонажей и частичной американизации персонажей (имена, привычки). После 25 эпизода привязка к манге постепенно уходит. В аниме появляется альтернативная версия развития сюжета.

Сильно отличаются персонажи, их имена, способности, группировка в составе команд и количество самих команд. Так, например, в Аниме отсутствовала группа «Гандара» — шаманы с духами класса богов, обладающих огромными силами (в частности, воскрешать людей), которые организовали Йо и компании тренировки в Аду (собственно, Ада в аниме тоже не было). Также есть существенные различия в правилах турнира и в главной сюжетной линии.

Считается, что Такэи отказался рисовать продолжение манги, так как был очень недоволен экранизацией в виде аниме. Таким образом на настоящий момент аниме представляет собой завершённый проект, а выпуск манги был приостановлен на 6 лет. С недавнего времени существует концовка манги, которая, как нетрудно догадаться, разительно отличается от представленной в сериале.

Следует также отметить, что во всем аниме количество смертей было сведено к минимуму, в то время как в манге некоторые главные герои умирали чуть ли не по 2 раза (в единичных случаях — три (Тао Рен)).